前身为广州航海学院港航工程研究所，是高校下属的产学研实践平台。2012年经广州市民政局批准，成立广州市港航工程研究所，现为民办非企业法人单位，实行理事会领导下的所长负责制。注册资金人民币100万元，机构驻地为广州市新港东路2440号广州本土中心4楼。

机构独立后，秉承专业、执着、开拓、求新的宗旨，以人才培养、社会服务、科学研究为己任，坚持产学研联动路线，自力更生，艰苦奋斗，用3年时间解决了初期的生存和发展问题。目前已具备港口工程项目策划、设计、咨询、检测、勘测、施工等全行业技术服务及管理能力，拥有一支信念执着、品德优良、本领过硬、专业拔尖的高素质专门人才及创新人才团队。

机构注重新技术人才的培养，2012年起将3D可视化作为工程设计的基本要求，目前已全面实现从现场勘查、方案、施工图到实施组织全过程的3D建模信息管理，BIM已逐步成为团队的基本文化及理念。截止15年6月，通过一级建模师考试9人，其中3人取得中国图形学会及Autodesk双认证教师资格，是广东省第一批具备Revit软件培训资格的单位。

结合人才培养和社会服务，机构也投入力量开展科研开发及新技术应用研究。其中车道式地下停车系统、钢板桁架材料研究取得国家专利或阶段性成果，激光扫描地形勘测、无人机航拍3D建模、雷达探地检测等先进技术，均已经在业务中成熟应用。

2015年，在团队及技术基本完善的前提下，按照初创制定的发展规划，先后成立广州宾模工程管理咨询有限公司、广州秉正工程检测有限公司，力求为社会及企业提供更专业、更快捷、更节省的优质服务，同时推动研究所进入更深层次的产学研循环，加快实现国内工程建设领域知名人才培养及科研基地的宏伟目标。

港口工程全过程管理咨询、BIM信息化应用研究及服务、无人机应用研究及服务、港口设备研发制造、文化宣传服务。